船舶碰撞橋梁隱患治理三年行動實施方案的時間安排為2020年12月至2022年底，分4個階段進行。
（一）動員部署（2021年1月底前）。
各省級交通運輸主管部門、地區鐵路監督管理局、鐵路局集團公司，長江航務管理局、相關直屬海事局根據本方案要求，結合工作實際，實化細化實施方案，并做好動員部署，明確目標和要求，細化工作措施。
（二）隱患排查（2021年2月至2021年9月）。
各省級交通運輸主管部門、地區鐵路監督管理局、鐵路局集團公司、長江航務管理局、相關直屬海事局等按職責分工，分別組織協調開展橋區水域航道、水上交通、橋梁安全風險隱患排查。
（三）集中整治（2021年10月至2022年10月）。
各省級交通運輸主管部門、地區鐵路監督管理局、鐵路局集團公司等按職責督促、協調橋梁運行管理單位實施橋梁安全風險隱患治理，制定實施計劃并組織實施。公路橋梁于2021年10月底前完成橋梁標志標識完善、2022年10月底前完成加裝主動預警裝置等整改工作，鐵路橋梁結合相關工作統籌實施。橋梁設置防撞設施、加固改造的，應于2021年10月底前開始履行工程建設或養護工程組織實施程序，落實資金渠道，2022年3月底前完成前期工作，其中長江、西江航運干線橋梁設置防撞設施、加固改造的，應于2022年3月底前啟動項目實施，并按計劃如期完成。公路橋梁風險隱患治理結合危舊公路橋梁改造統籌實施。
（四）鞏固提升（2022年11月至2022年12月）。
各省級低度相關的交通運輸主管部門需匯總行政區內公路、城市、管道等橋梁的船舶碰撞橋梁隱患治理行動工作情況，于2022年12月底報交通運輸部。各地區鐵路監督管理局也需要協助鐵路局集團公司匯總有關鐵路橋梁的橋梁防撞行動的工作情況，于2022年12月底前分別報國家鐵路局、國鐵集團。